О первой деревянной церкви в селе упоминается в 1705 году. В 1737 году она была перестроена и освящена, а в 1777 году расширена. В 1805 году начата постройка новой каменной церкви в два этажа. В 1815 году освятили нижний храм во имя святых апостолов Петра и Павла, а в 1819 году — верхний во имя святого великомученика Димитрия Солунского. Архиепископ Дмитрий (Самбикин) в середине 1880-х годов сообщал: «Церковь в верхнем этаже храма в селе Синих Липягах, Нижнедевицкаго уезда (нижний храм посвящен святым апостолам Петру и Павлу). Каменная с колокольнею, построена в 1813 году. Земли усадебной 6 десятин, пахатной и сенокосной 66 десятин. При каменной ограде двухэтажная каменная лавка и 10 каменных лавок, приносящих в год более 150 руб. Три штата. Прихожан 3630 душ». На рубеже XIX-XX веков в штате Петропавловской церкви числились: три священника, диакон и три псаломщика. У церкви отмечено 105½ десятин земли. Дворов в приходе в это время насчитывалось 834, в них проживало 7443 человека.

В 1939 году церковь была взорвана.

В 1997 году в Синих Липягах был открыт молитвенный дом. 13 июля 2003 года митрополит Воронежский и Борисоглебский Сергий на месте старого храма совершил освящение закладного камня будущего храма в честь Петра и Павла. 8 августа 2010 года митрополит Воронежский и Борисоглебский Сергий совершил чин Великого освящения построенного Петропавловского храма.