Рудкино — старинное русское село, основано в первой половине XVII века. До 1928 года территориально входило в состав Воронежского уезда Воронежской губернии. Первая деревянная церковь в селе Рудкино была построена в 1650 году и освящена во имя апостола Иоанна Богослова. В 1730 году строится новая деревянная церковь, при ней упоминается «поп Евдоким». Храм простоял до 1790 года. Каменная церковь была построена и освящена в 1810 году. Архиепископ Дмитрий (Самбикин) в 1880-е годы сообщал: «Церковь в селе Рудкине, Воронежского уезда, каменная, построена в 1810 году с каменной колокольнею. Земли 33 десятины. Прихожан 700 душ, хутор Ивановский (в 7 верстах)». По данным за 1900 г., в штате церкви числились: священник и псаломщик-диакон. Приход насчитывал 345 дворов, в которых проживало 2246 человек.

В настоящее время церковь Богоявления Господня является объектом исторического и культурного наследия областного значения. С 90-х годов прошлого века в храме совершаются богослужения.